Tsahal a réussi à prendre le contrôle de la flottille Free Gaza et après les violents affrontements qui ont fait quinze morts et une cinquantaine de blessés, les six navires ont été dirigés vers Ashdod, accompagnés par des soldats du commando marin israélien. Le porte-parole de Tsahal, Avi Benayahou, a déclaré que la flottille n'avait rien d'humanitaire et qu'il s'agissait d'une provocation violente contre Israël. Selon lui, les soldats ont été attaqués à coups de matraques et de couteaux et les militants propalestiniens ont même réussi à dérober des armes aux soldats qu'ils ont ensuite retournées contre eux. Benayahou a ajouté que la violence ressemblait à un lynchage qui avait conduit les soldats à riposter par légitime défense. Six soldats ont été blessés dont deux grièvement durant les affrontements. Ils ont été transportés par hélicoptère dans des hôpitaux israéliens. Des rumeurs concernant la mort du leader de la branche radicale du mouvement islamiste israélien, le cheikh Raed Salah, se sont révélées dénuées de tout fondement mais elles ont suffi pour provoquer des manifestations de colère parmi les Arabes israéliens. Dans un communiqué, le Hamas a déclaré qu'il exigeait que la scène internationale réagisse afin de « sauver les militants pacifistes ». En Israël, le ministre de la Défense, Ehoud Barak, s'est entretenu avec le ministre turc de la défense et avec l'ambassadeur turc en Israël. Barak a également rencontré le chef d'état-major Gaby Ashkénazi et le directeur du Shin-Bet Youval Diskin. Le Premier ministre, Binyamin Netanyahou, en visite officielle au Canada, a décidé d'écourter son séjour et d'annuler son entrevue prévue avec le président américain Barak Obama.